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苹果短信删除后仍显示未读的原因可能有以下几种情况。
1、未完全删除短信：在删除短信时可能没有完全删除，导致短信仍然存在于短信应用程序中，并且显示为未读状态，可以尝试重新进入短信应用程序并刷新页面，查看是否仍然存在未读短信。
2、短信缓存：可能是由于短信缓存导致的未读标记没有被清除，可以尝试在设置中清除短信应用程序的缓存和数据，然后重新打开应用程序查看是否还存在未读标记。
3、系统错误或软件问题：可能是由于系统错误或软件问题导致的显示异常，可以尝试重启设备或更新操作系统，以查看问题是否得到解决。
如果以上方法均无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往苹果专卖店寻求帮助，请注意备份重要短信以防万一，避免在清除过程中误删重要信息。